电子证书与纸质证书的法律效力是一样的，不过也有区别：
1、电子证书供网上查询，下载打印无效，申请流程简单，只要填写申请资料、上传作品附件和缴费就可以获得。纸质证书只能在有电子证书之后才能申请。纸质证书方便携带和展示，可以直接作为法律证据。
2、电子证书有效期为10年，到期需要续费。但是纸质证书没有期限。

设计之窗的电子备案证书和纸质备案证书作用是一样的，都是可以作为原创设计的有力证据；最大的不同就在于使用有效期了，电子证书使用有效期为10年，不过这个时间可以续的，而纸质证书是永久的。