结婚证丢了，可到拿结婚证的民政局去查询。
复制结婚登记页。
然后向法院起诉。

我现在在外地，而且我们不是一个地方的。

到他居住地法院去起诉。

必须到他那边起诉吗？那我的结婚证还要补办吗？那这个流程走下来需要多久？

必须到他那里去起诉。
结婚证无需补办，到民政局去查档。
快的话在3个月之内。
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那如果不起诉，协议离婚，要补办结婚证吗？

不用，男方有结婚证的。