强奸案件立案证据一般主要有以下几种：

1.被害人陈述。被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。

2.犯罪嫌疑人的供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。

3.现场遗留的物证：如可证明有性行为发生的物品类证据，如遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。

4.受害人可能遭受暴力的物品类证据，如被撕扯破的衣物、衣扣等;遗留的刀具、棍棒等凶器等。

5.受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品。

6.现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加春药、麻醉剂的现象，此类物证也需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。

    认定强奸罪的主要证据有：受害人陈述、嫌疑人供述、人体精液鉴定、物证等。

    强奸罪取证一般是最先从考虑从阴道内获得嫌疑人的体液(精液)，受害人身上提取嫌疑人留下的线索，包括毛发、皮屑、体液(含汗水、口水、血液)、纤维等，环境许可还可考虑指纹、掌纹、脚印等许多线索，当然有视讯影音证据，那就最好了。

    采集证据需要根据情况来决定，总之线索可能很多，但办案的人是否有这个耐心，是否愿意作为，就很难说了。此外，被侵犯者，一定要在被侵犯后，第一时间报警并去医院或者法医保全证据，提取身上可能存留的嫌疑人线索。残留在体内的精液在经过一定时间后，就无法再被检出。