1、双方可以先协商，协商一致可以变更或者撤销购房补充协议的内容；
2、协商不成的，可以看看协议内容是否属于可撤销条款，包括欺诈、胁迫、乘人之危，导致当事人违反真实意思，或者内容明显不公平，当事人有重大误解，可以依法向法院申请撤销协议。

签订合同补充协议后，一般以补充协议约定的内容为准。具体依据如下：
1、在补充协议中，通常会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准”；
2、《合同法》第七十七条规定，如果双方达成协议，可以变更合同。补充协议签订后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。